Buenas,
Fisicamente en el HD del servidor el subdominio tendrá una carpeta para el, lo lógico es que el nombre de la carpeta coincida con el nombre del subdominio. Aunque insisto, esto depende de tu proveedor de servicios. Luego tu proveedor de servicios tienen que dar de alta en sus servidores de DNS una nueva entrada de dominio y que al solicitarla apunte a la carpeta adecuada.
Ejm:
www.tudominio.com/nombredetusbdominio (asi seria la manera "clasica") pero que cuando escriban en el navegador: nombredetusubdominio.tudominio.com apuntará a la misma carpeta.
La forma de que te facturen, o los servicios que ellos ofrezcan ya no puedo decir nada ya que lo desconozco :) pero por el asunto de los index y tal no te preocupes ya que estarán ubicados en sitios diferentes.
Un saludo.