Entonces .. usa
SELECT DISTINCT campos FROM tabla
Pero .. se trata de eliminar los links -exactamente igual- (en ese caso usando DISTINCT) ..
Ahora .. como pretendes o bajo que lógica dirías que de un listado como:
http://tupagina.com/index.php http://www.tupagina.com/eventos.php http://www.tupagina.com/noticias/index2.php http://tupagina.com/recientes.php http://www.tupagina.com/hola.php
se tenga que tomar el primero de la lista .. y por qué no un segundo? .. o sólo el "domino" en sí: tupagina.com ?
En todo caso, en SQL de Mysql tienes posibilidad de usar expresiones regulares (como para indentificar cierto patrón) y funciones SQL de tratamiento de cadena .. que, unido (supongo) con DISTINCT podría ayudarte a solventar el problema.
Yo intentaría enforcar el problema y su solución a usar -sólo- o lo más posible SQL.
Movemos el mensaje al foro de "Base de datos"? (con mención en este foro ..)
Un saludo,