Podrías usar:
Código PHP:
echo "<input type=\"checkbox\" name=\"archivo[]\" value=\"".urlencode($file)."">";
El "nombre del archivo" viajará en un array: archivo .. Uso "urlencode()" para que no tengas problemas con espacios, acentos y demás caracteres como nombre de archivos.
En tu script PHP de proceso, recorre ese array para aplicar tu "unlink()" o como corresponda. No estaría de más validar y verificar que el archivo en sí exista antes de hacer el "unlink()" definitivo.
Código PHP:
foreach ($_POST['archivos'] as $archivo){
$ruta_archivo="descargas/".urldecode($archivo);
if (file_exists($ruta_archivo)){
unlink($ruta_archivo);
echo $ruta_archivo." --> Borrado<br>";
} else {
echo "<b>".$ruta_archivo." --> FALLÓ Borrado</b><br>";
}
}
Un saludo,