es curioso como dices, ya hice una prueba...
http://localhost/web/url/contacto.html
y esto si funciona /url/ en vez de /index/ incluso funciona si pongo url/1/contacto.html cuando pongo dos o mas parámetros en el .htaccess para sustituir solo uno.... aunque esto no lo veo necesario...
y ahora puse en base href la direccion real (url) porque al poner...
<base href="http://<?php echo $_SERVER['SERVER_NAME']."/".$_SERVER['PHP_SELF'] ?>">
sale por ejemplo
http://localhost/web//url/contacto.html y esto muestra un error por la diagonal extra, pero creo que eso es cuestión de lógica....
aunque ahora no tengo mi web en linea gracias por el dato para el .htaccess de los buscadores y por la ayuda