Hola Malakai:
La verdad es que no entendí muy bien lo que quieres, pero tal vez pueda ayudarte...
Lo de abrir 2.html desde 1.html está claro.
Ahora, si la ventanita la abres a la vez que abres la página 2 desde la página 1, las posibles referencias que puedas tener las pierdes, y ya no puedes hacer nada (¡creo!).
Si la ventana la abres desde la pagina 2, puedes darle un nombre abriéndola con window.open, más o menos así:
ventana = window.open("ventana.html", "", "");
De esta manera puedes cerrarla con:
ventana.close();
Si no es lo que quieres, tal vez debería explicarte mejor, y seguro que te podremos ayudar.
Saludos
