JavaScript es un lenguaje que es interpretado por el cliente --el navegador--, para el servidor, para PHP, no es más que código que ha de ser entregado --sin diferenciarlo del HTML por ejemplo--.
Tu problema muy probablemente sea debido a tu código JavaScript y/o al navegador conque veas tu pagina:
- Ya comprobaste el navegador acepte JS?
- Ya comprobaste que el código JS sea entregado tal cuál? (ve el código fuente)
- No muestra error en el IE (parte inferior izquierda) ó en la Consola JavaScript del FireFox?
... básicamente, asegurate no sea problema del JS. Ve el código fuente, solo si es diferente puede ser que el problema sea del lado del servidor.
Saludos!
