Hay algunas cosas que recalcar:
Cada lector de códigos de barras simula ser un teclado, con esto digo que si el foco lo tiene el bloc de notas de Win al leer un código se digitan (como si fuera a mano) los números del código de barra. Un lector de código de barras no es nada del otro mundo y su funcionamiento es mucho más simple de lo que se cree.
Hay un proyecto (que lo busque pero no lo encontré) que se trata de esto mismo, no sé como trabajara ni como se llama, en realidad no se nada de ese proyecto, pero un proyecto así no hay que tenerle miedo, solamente un poco de ingenio.
Dicho el comportamiento de un lector de códigos, es solo cuestión de un poco de manía. Yo te planteo lo siguiente:
Como dije si el foco lo tiene el bloc de notas y el lector simula teclear los numero, que pasaría si el foco lo tiene un campo de un form de una pagina web?
Ahora para no tener que estar enviando a mano el formulario cada vez que se lee un código, que te parece un poco de JS o tal vez un poco de Ajax? Esto daría una buena vista y seria lo suficiente funcional que necesitas.
Ahora con respecto a la segunda duda, no bastaría con agregar un capo extra en la tabla donde registra que fueron mandados? Un campo booleano que se llamaría entregado, cuando llega a destino solamente se necesita cambiar de false a true y ya tenemos el programa completo.
Ahora una pregunta que no entiendo.
Cita: debo de considerar una aplicación LAN para la inserción y fases por la que pasa el paquete? , y dejar solo para consulta del estado del paquete a la interfaz web con PHP????
Creo que sabias que con PHP se realizan muchas aplicaciones LAN? Yo tengo esa inclinación, es más no empecé a estudiar PHP para realizar paginas web dinámicas
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Pero ahora tienes un punto que tendrás que analizar, estudiar y tener en cuenta, es la seguridad. Sabemos que toda pagina publicada en internet es un posible blanco de ataques. Sobre este punto tendrás que resolver y entender varios aspectos. No se todos los aspectos posibles ni los voy a listar, pero hay uno que no imparta que se haga, pero hay que tenerlo resuelto siempre, es el back up, como, cuando y donde se realizara. Supongo que contrataras un hosting para el proyecto por medio de internet. Le calculo que el hosting tiene que tener especificaciones mas robustas que las normales para una pagina web normal, esto depende del trafico que tenga tu empresa.
Y supongo que ahora quedaron claras algunas cuestiones, pero recalco sobre una que no lo dije directamente pero creo que la di a entender, los datos del lector de códigos de barras no podría ir jamas directo a PHP, tendría si o si que pasar por un formulario, ahora si te das un poco de manía no seria ninguna desventaja que pase por un formulario.
Aclaro algo, yo tuve que hacer un proyecto hace unos cuantos años (creo que fue en la época que salia el win 98) de este tipo, en la época que se veia mucho DOS en algunas empresas, tuve que realizar este mismo proyecto (no exactamente igual, pero tenia unos códigos de barras de por medio) en el aquel tiempo los lectores de código de barras se comportaban de la manera que yo especifique, ahora pido perdón si hoy por hoy trabajan de distinta manera y todo lo que dije que sin valor.
Si estoy equivocado en algo pido disculpas y que por favor me corrijan.
Saludos y suerte, y espero que te allá servido de algo lo que expuse.