Podrias definir en que formato tienes las fechas en esas dos variables q tienes?
Si son formato TIMESTAMP de Unix (segundos trasncurridos desde 1 enero 1970) .. simplemente tienes que hacer la resta entre ambas:
$fecha_timestamp1="12341212354";
$fecha_timestamp2="23256226896";
fecha_resutado = $fecha_timestamp1-$fecha_timestamp2;
ahora solo te tocara gestinar esa nueva fecha_resultado obtenido .. o bien imprimirla dandole un formato con date("formato_feche",$fecha_resultado) o simplemente metiendola en algun otro campo de tu BD ...
Te recomiendo que leas el manual oficial de PHP, el catitulo referente a tratamiento de fecha y funciones para ello:
<a href='ir.asp?http://www.php.net/manual/es/ref.datetime.php' target='_blank'>http://www.php.net/manual/es/ref.datetim...</a>
Un saludo,