Lo mejor es un gestor de descargas .. donde sea un script PHP el que controle que y quien (bajo un sistema de usuarios) baja tus archivos (sea del tipo que sea).
Tu usas un sistema de usuarios en tu sitio? ...
Si es así .. una combinación de sesiones (
www.php.net/session) y gestión de la descarga (
www.php.net/header) podrías restringir quien baja tus archivos.
Un saludo,