Lamentablemente no es tan simple el hecho de "buscar" en un documento PDF.
Con PHP y su función fopen() abriras el archivo pero lo que vas a leer al abrilo es "chino". Tendrías que buscar información por otro lado de que formato (tal vez está hasta comprimido/encriptado?) para desvelar el formato de un PDF y de ahí "limpiarlo" (con expresiones regulares) para quedarte con el "contenido" en sí de tu PDF (el "texto") y empezar a busar sobre ese contenido "limpio".
Este proceso podría ser demasiado pesado para un script PHP .. He visto herramientas programadas en otros lenguajes para hacer busquedas sobre un PDF, si necesitas hacerlo bajo PHP .. se trataría de vía PHP llamar a esa aplicación externa (con exec() y funciones afines) que se controle por línea de comandos y recoger su resultado (a ser posible que entregue un XML? .. como para que puedas darle formato comodamente a los resultados)
Una de esas aplicaciones:
http://www.artspdf.com/arts_pdf_search.asp
(parece que tiene su própio API de programación .. vía COM para accederlo. PHP puede usar COM
www.php.net/com si está instalado en Windows todo)
Un saludo,