Con PHP (sólo) o javascript no se puede controlar el archivo que subes (como para hacer algúna "barra de progreso" o similar).
A lo sumo vía javascript al dar a tu botón "submit" de tu formulario .. podrías lanzar una "ventana" (window.open ...) para dar el avisto "espere mientras sube el archivo" y .. la cierras cuando tu script PHP finalize (generando un window.close() a la ventana que abristes ..
Algo más avanzado como barras de progreso (reales) de como va el proceso de "Upload" podrías hacerlas con soluciones que usan Perl+PHP como por ejemplo:
http://www.raditha.com/php/progress.php
Un saludo,