Hola, yo dudo mucho que el problema sea la versión del php que utilizas o el hecho de que esté, levantado el servicio del mysql (el error sería diferente), a mi me parece que el problema esta en la forma en que se instaló php, generá un phpinfo(); y checa tanto el comando de configuración, como que aparezca una sección donde se da la configuración de las directivas que contrlan el mysql, ¿que sistema operativo usas?, ¿como lo instalaste?, insisto, me parece que el error esta en la configuración del php al momento de instalar, espero te sirva de algo, o te de una idea de por donde puedes empezar a buscar.
Una vez que hayas creado tu phpinfo(); fijate en esta linea
Configuration File (php.ini) Path (te da la ruta del php.ini que esta usando)
y en esta:
Configure Command: (debe tener algo así: '--with-mysql= (una ruta) )
PD
¿No tenias instalado otro php antes sobre la misma maquina?, talvez estas viendo un php.ini que no es el que esta viendo el php
