En muchos casos lo que deseas es proteger tu propiedad intelectual de tu aplicación .. evitar que sea distribuida bajo condicones que tu no acordastes con tu cliente .. en otros servidores, versiones de prueba que deben expirar .. etc.
Todo esto cara al código PHP lo puedes asegurar con aplicaciones como:
Zend Safeguard
http://www.zend.com/products/zend_safeguard
PHP Encoder
http://www.ioncube.com/
Como veras .. son aplicaciones de "pago" .. algo lógico si quieres proteger tu trabajo y no es una aplicación de libre distribución /licencia (GNU o equivalente).
Lo que es el código de salida que PHP genere (ese "HTML" .. etc...) no tiene sentido protegerlo .. más bien "ofuscarlo" .. es decir .. complicar su lectura . .pero realmente eso es lo de menos. Lo que debe preocuparte es el código PHP que en realidad es tu fuerte en el trabajo.
Un saludo,