Mas que de alguien externo al servidor .. deberías desconfiar de los própios administradores del servidor que "limpiamente" ya están viendo tu código ..
Si quieres un sistema "profesional" para encriptar tus aplicaciones .. no sólo con el fin que deseas ahora sino con otros mucho más útiles como por ejemplo: distribuir tu aplicación en modo "demo" valida por unos días .. o que tengan llaves de activación .. y en general como hace cualquier software de "escritorio" en general .. podrías usar:
Zend Encoder - Safe Guard
http://www.zend.com/products/zend_safeguard
PHP Encoder
www.ioncube.com
Un saludo,