Realmente por mi parte no he trabajado con SQL Server y archivos "binarios" .. no sé si tendrás que aplicar (tal vez?) algún proceso de "escapado" con stripslashes() o addslashes() , pero podría ser ese el problema. Pruebalo.
http://www.php.net/manual/en/function.stripslashes.php
(esto es por el tratamiento de magic_quote_runtime que afecta a los datos que se extraen a PHP desde BBDD o lectura de archivos).
http://www.php.net/manual/en/ref.inf...quotes-runtime
Un saludo,