Ya probaste poniendo directamente el where.
Código PHP:
<?
$resultado = mysql_query("SELECT marcas.Marca, modelos.Modelo, versiones.Motor, versiones.Puertas, versiones.AA, versiones.Clima, versiones.DA, versiones.ABS, versiones.Airbag, versiones.EE, versiones.CC, versiones.CD, versiones.Otras, versiones.Foto, versiones.Fecha, versiones.Precio, versiones.Tipo
FROM marcas INNER JOIN modelos ON marcas.Marca = modelos.Marca INNER JOIN versiones ON modelos.Modelo = versiones.Modelo WHERE marcas.Marca LIKE '%" . $txt_criterio . "%'"
ORDER BY marcas.Marca ASC, modelos.Modelo ASC", $link);