Deberías indicar una muestra de tu código .. Sobre todo de tu "index" y alguno de esos "include" que llamas externo.
Tal vez te has olvidado de definir en el char-set que usará tu página ...
Algo como:
Código:
<!doctype html public "-//W3C//DTD HTML 4.0 //EN">
<html>
<head>
<title>blablabla</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"></head>
Un saludo,