Creo que este post te sera útil: O este otro Aca hay más
Entonces, lo ideal es hacer swf's para manejar mejor la interactividad con el usuario en eso de dar tiempos, yo optaría por que el usuario pueda volver a ver algo que ha pasado en la animación, por ejemplo, en el link que dejas, primero, debería de tener un cargador porque se pausa si no tienes conexión rápida, luego, de pronto hace movimientos rápidos y uno quisiera ver de nuevo lo que sucedió, a ese tipo de contol me refiero. Así que el ideal es usar archivos .swf que te comprime bastante bien ya que el video lo convierte a .flv y es de lo mejor que hay.
Si quisieras pasar video tal cual, creo que cualqueir formato que comprima bien te sirve, oviamente no un Avi, sino un mpg o un wmv.
Prueba con los softs que dicen en el post.