En ese mensaje que mencionan dejé un link hacia una classe concreta. No sé si la has probado . .pero dice en su documentación comprimir archivos y/o directorios completos.
Cita: Supports relative paths/no paths, comments, and recursing through subdirectories.
Y .. "a malas" si tienes cierto código que "comprime" un archivo (o mejor te permite ir añadiendo archivos sueltos para comprimirlos todos juntos), .. sólo tendrías que recorrer tu estructura de directorios para ir proporcionando a esa supuesta función los "path" (rutas) de tus archivos a comprimir. Esto lo veras en ejemplos de los comentarios de los usuarios de funciones como:
www.php.net/dir
Pruebalo y nos comentas.
Un saludo,