Cita: Al estar protegido ese directorio aparerá automáticamente un popup preguntando nombre y contraseña de nuevo.
Al menos esta parte la puedes hacer desde CPanel, la mayoría de los servers basados en linux lo tienen y desde ahí se pueden proteger carpetas. Así ya no tienes que liarte con PHP o con entenderlo (lo digo por la urgencia de tu trabajo). Así que momentáneamente, en lo que das con la solución, podrías poner links directos a esos cuatro directorios protegidos para ir probando lo que te menciono.
Luego, ya nada más necesitarás un script que tome del formulario de la página inicial el valor del USER, cheque en un archivo de texto que exista y si es así, redireccione hacia la carpeta adecuada).