Muchas gracias por tu respuesta, Cluster, lo que ocurria para que me pasara eso es que la página de acceso la abro en una nueva ventana (about blank) y en ie6 ocurre todo lo que te dije, pero en el momento que no se haga así ya no ocurre y lo mismo pasa con firefox y los demas, que se ve todo el código htm, pero no así el php, por eso intento pasar las funciones de javascript a php pero no siempre me sale.
Saludos y gracias de nuevo