Sistemas de "Help Desk" tienes un montón hechos .. usa google o visita sitios como
www.hotscripts.com
Pero vamos . .no es nada dificil implementar lo que pides. Además dices que ya tus cotizaciones las gestionas en una BBDD (para relacionarlas) y por otro lado también las envias por e-mail (ok .. una funcionalidad más de tu sistema).
Que problema concreto tienes? .. Tienes ya claro como "armar" tu Base de datos (tablas y como relacionar con el otro sistema que ya tienes)?.
Un saludo,