En PHP tienes las funciones system() .. exec() y afines .. esas funciones sirven para enviar a ejecutar comandos a la "shell" del S.O. que ejecutes en tu servidor.
El principal problema de usar esas funciones desde PHP es que "quien" las ejecuta es "PHP" ..PHP no tiene permisos de "root" sino otro, dependiendo de la configuración de PHP así será .. si se instaló como "módulo de Apache" es el usuario que tenga Apache .. si se instaló como CGI .. el que se le dió .. o incluso "nobody" ..
Para solventar el problema . .tendrás que usar otros comandos del S.O. própio que uses para cambiarte de usuario a otro desde cualquier usuario. En Linux podrías usar "sudo":
http://www.sudo.ws/sudo/
Ahora .. no lo he usado nunca. Entre otras cosas .. debes tener mucho cuidado .. NO es para nada seguro usar PHP para estas taréas .. ni tampoco cierta configuración de PHP te lo va a permitir (como en "safe mode").
Un saludo,