Según parece si que podrás cambiarla en tus scritps PHP:
Código PHP:
<?
ini_set("cgi.rfc2616_headers","0");
Al principio de tu script ...
De hecho podrías corroborrar que el cambio está aplicandose haciendo un "phpinfo()" .. ahí veras un par de columnas que dan el valor actual de la directivas de PHP. Si te fijas en la 2° (de resultados) dice algo como "local value" o algo así (no recuerdo ahora bien). Y la otra dice "master value" .. La primera dice lo que el php.ini tiene .. y la otra lo que ini_set() u otros métodos (.htaccess en Apache .. etc) han cambiado el valor original.
Un saludo,