Esto suele ocurrir cuando dos usuarios intentan escribir y/o leer en el archivo en cuestión simultáneamente. Por lo general queda un valor que no es el correcto en el archivo de texto.
La solución definitiva a este problema es que tu aplicación guarde ese conteo en una base de datos, en la cual estos bloqueos se gestionan de manera automática (depende también tu motor de base de datos y el tipo de tabla que utilices).
Si decides seguir utilizando archivos, te recomiendo que bloquees su uso cuando se realiza un acceso. Pegale un vistazo a
http://www.php.net/manual/en/function.flock.php
Saludos.