Las librerías GD hasta cierta versión (1.?) trabajaba con formato GIF 100% ... luego por diferencias sobre licencias (del formato GIF de "Compuserver" si no me equivoco) las versioens de GD 1.3.x ... no soportaban GIF .. y ahora con GD 2.x creo que el soporte GIF es sólo de lectura, no para "generar" otro GIF a partir de un GIF. Primero deberías confirmar esto para no perder el tiempo con GIF.
De todas formas en las librerías GD no he visto sobre GIF ningún tratamiento de "línea de tiempos" como para hacer lo que pretendes .. ? existe tal tratamiento? ...(pregunto).
Ahora, por otro lado .. lo que podrías hacer mejor es generar un .swf desde PHP en forma dinámica para crear tu "animación" con el efecto que quieras.
PHP dispone de la extensión "Ming" (
www.php.net/mig) que lo más probable sea que no la tengas instalada/disponible en cualquier servicio de hosting .. pero sirve para generar .swf (vectoriales) desde PHP dinámicamente al estilo GD con imagenes "bitmap".
Aquí tienes un ejemplo que sólo requiere (teóricamente . .no lo he probado) de PHP para generar tu .swf .. con unas funciones concretas para generar "slideshow" (con varios efectos de transición):
http://www.maani.us/slideshow/
Un saludo,