Bueno, lo que yo hago, no sé si sea lo mas idoneo, pero me funciona.
Una vez terminado el diseño en Photoshop, exporto cada capa en formato png. Es decir si mi diseño consta de 10 capas, exportare 10 imagenes en PNG. La idea es agrupar estas imagenes en el lienzo de Flash, de manera que quede igual que lo que hiciste en photoshop. Es como rearmar un rompecabezas en flash con las imagenes exportadas.
De esa forma tendras cada imagen en una capa distinta, tal cual como en photoshop.
Suerte, espero haberte ayudado.!