Lo que pretendes en su base es "tratamiento de archivos de texto plano", es decir, necesitas conocer como "abrir" un archivo .. como tratar el archivo (como cadena o en líneas como array) y de ahí como generar con todas esas "variables" un archivo nuevo que se componga de partes de lo que leistes y de lo que generas (insertas).
No sé como piensas subir ese "HTML" dado .. si ya va a tener sus própias definiciones de página HTML (como <html> ... <head> .. .. etc) .. en principio se trataría de aplicar un proceso más .. el de "parseado" vía expresionres regulares para localizar donde están esas cabeceras HTML que definen "el <head>" (para insertar ahí un vinculo hacia un CSS concreto o incrustrado) u otras pártes de la misma.
Tampoco sé como piensas gestionar el tema del "header" y el "footer" .. no sé si debe quedar bajo el "<body>" (siguente línea) .. para el "header" .. o el "footer" ponerlo linea antes del "</body>" .. o vas a usar algún "tag" própio tipo "{HEAD}" para insertar ahí lo que corresponda (a modo de "template/plantilla") pero todo eso debes definirlo y aclararlo.
Como veras .. aquí hay un punto bastante fuerte "Uso de expresiones regulares". Un tutorial al respecto:
http://www.ignside.net/man/php/regex.php
Y luego todo lo referente a tratamiento de archivos de texto plano con PHP:
http://www.php.net/manual/en/ref.filesystem.php
(funciones fopen() .. y afines)
A lo "mejor" te sobraría usar algún motor de gestión de plantillas ya hecho y adaptar tu filosofía de diseño de esas "plantillas" .. Puedes ver algo de lo que te comento en:
http://www.jpw.com.ar/noktpl.php
Así creas plantillas tipo:
Código:
<html>
<head>
{CSS}
</head>
<body>
{HEAD}
{CONTENIDO} (sería el "HTML" que tu subes .... )
{FOOTER}
</body>
</html>
O simplemente a base de "include()" llamas a esos elementos (si es así de básica tu plantilla .. con eso te sobra). Esto es más o menos lo que se denomina estructura "modular".
Un saludo,