Cita: o lo que sea que me permita realizar una captura de la pantalla desde el servidor, o sea, hacer una foto de lo que el usuario ve en pantalla, de esta forma no perderia los canales alpha.
Lo que es en PHP y en general con cualquier lenguaje del lado del servidor .. el tema que pretendes no se puede realizar por sí sólo. A lo mejor si creas o te consigues algún ActiveX o Applet Java que lo haga y que incorpore un cliente FTP? própio para subir la imagen .. o que la adjunte en un formulario por HTTP podrías tomar esa imagen en el servidor.
Por lo demás . .creo que estás enfocando la solución por un camino que no es el más "corto" .. Creo que si planteas el problema que tienes con la generación de tu PDF e imagenes tal vez se vean otras soluciones. Por ejemplo a simple vista los PNG generados por las librerías GD (usadas en PHP por muchas classes/extensiones que generan PDF) no soporta los canales alpha (creo .. habría que ver en que contexto lo usas) .. pero si que lo hace por ejemplo "ImageMagick" (extensión/librería que tendrías que instalar en tus servidores. Es mucho mejor que GD pero no viene de "serie" en muchos servicios de hosting por ejemplo ...).
Un saludo,