Hola. Según lo que planteas, a mí se me ha ocurrido solo una forma de hacerlo. Si bien desde PHP no puedes imprimir directamente, pero si generas todo el reporte y por medio de JS lo imprimes, si hasta aquí estamos de acuerdo lo siguiente será fácil. Por medio de la librería GD podemos hacer cualquier tipo de imagenes, pero recuerdo que hay una función que puedes escribir sobre la imagen y que también esta cadena que escribamos arriba de la imagen se pude hacer que tenga algún tipo de tipografía (a partir de un archivo .ttf). La cuestión de el archivo .ttf no sé nada, pero si lo consigues solamente tendrías que generar una imagen en blanco y escribir arriba el código de barras con la función
imagettftext().
Se me ocurre que para hacerlo hagas un modulo aparte para que cuando imprimas el reporte solo imprimas la etiqueta HTML de la imagen y pasándole como la imagen la dirección al modulo y pasándole por GET el numero que quieras ver como código de barras, que sería algo así:
<img src="mi_modulo_de_barras.php?num=123456" width="" height="" alt="" border=0>
Espero que lo que dije sea claro y de ayuda. Saludos.