Puedes usar dir()
http://www.php.net/manual/en/class.dir.php
Con eso recorres todos los archivos que contenga un directorio . . si no quieres mostrarlos OK, tan sólo define un contando ($conteo++) y listo ...
Sería bueno que controlases este tema (total de archivos) desde el script que uses para hacer el UPLOAD de esos archivos (o los subes/borras tambien por FTP?) .. Te hago el comentario por qué si tienes muchos archivos, ese "bucle" que debes usar para contar los archivos que tiene tal directorio podría tardar un tiempo considerable obtener dicho dato.
Un saludo,