Lo único seguro es que hay que convertir algún vídeo de formato, lo más fácil es pasar los dos a un mismo formato. Por ejemplo lo de pasar ambos a MPG con TMPGEnc, sería una opción, pero hay que asegurarse de pasar el segundo vídeo a MPG con las mismas características...
También lo puede hacer un programa de edición que soporte varios tipos de archivo, eso el virtualdub no lo hace, pero el movie maker creo que sí, el pinnacle studio sí lo hace... estos programas además ya convierten de formato.
