Programa? .. No entendí mucho a que te refieres ..
Una cosa es el "motor" o RDBMS o "servidor" de Base de datos que quieras usar. Por ejemplo aquí nos referimos a Mysql, MS SQL Server, Oracle, PosgreSQL .. etc.
El más usado en conjunto con PHP es Mysql .. (y opcionalmente PostgreSQL) .. MS SQL Server lo podrás ver en servicios de hosting que usen PHP bajo windows.
Luego tienes lo que denominan "Capas de abstracción de Base de datos" como las que mencionas "PEAR DB" que vienen con el paquete "PEAR" (
http://pear.php.net) que debes tener instalado en el servidor que lo uses. No todos los servicios de hosting lo usan .. así que por ahí hay que tener cuidado.
Otras "capas" de este estilo que puedes adjuntar con tu aplicación (son simples "classes" .. código PHP) son:
ADOdb
http://adodb.sourceforge.net/
ezSQL
http://www.jvmultimedia.com/portal/node/6
y si usas google.com por el término que comenté veras muchas más opciones.
El usar o no una capa de abastracción de BBDD depende de tu aplicación. Si es poca cosa, no hay interes o previsión de que tu aplicación "corra" o deba "correr" sobre otros RDMBS (no sólo Msyql .. sino eventualmente tenga que funcionar con "MS SQL Server") .. en ese caso, usar las funciones directas de PHP tipo msyql_xxx() o las que corresponda será una buena opción .. más optima (no tienes el "paso" intermedio que es esa capa). Ahora .. si quieres desarrollar aplicaciones que eventualmente deban funcionar bajo otros RDBMS que el que uses habitualmente (nunca se sabe), en ese caso te viene bien usar alguna capa de abstracción de BBDD y así no crear dependencia de tu código a cierto RDBMS .. y con pocos o ningun cambio poder hacer funcionar tu aplicación con cualquier otra fuente de datos.
Un saludo,