Hola,
Hasta donde yo sé Ioncube no es un compilador, he visto el código generado y realmente es un ofuscador de código, ahora el Zend Encoder no es sólo un ofuscador de código:
Cita: Zend SafeGuard's encoder compiles and converts plain-text PHP scripts into a platform-independent binary format known as a 'Zend Intermediate Code' file
Zend Encoder
compila,
ofusca, y
optimiza el código PHP en un código intermedio que puede ejecutar el motor Zend. Yo creo que es una buena alternativa para lo que estás buscando ya que Zend es la empresa encargada del desarrollo y mantenimiento del motor de ejecución de PHP.
Desde mi punto de vista, el Zend Encoder hace como una
pre-compilación de código.
En cuanto a servidores, hay muchos que tienen instalado el Zend Optimizer por lo cual vas a poder usar esta herramienta sin problemas. También he visto algunos con Ioncube.
Ahora, si lo que querés es hacer un EXE a partir de un código PHP... Ni idea, he visto una aplicación que convierte un sitio entero en un EXE, pero sólo HTML...
Desde el punto de vista del Open Source, no deberíamos hacer esto como dice Cluster, coincido con él. Pero yo varias veces he renegado con algún que otro cliente porque sabían un poquito de PHP y se largaban a modificar el código de un sistema sin percatarse de que podían dañarlo...
Saludos.