Parece que tienes problemas con la propagación del SID (Identificador Único de Sesión).
Si dices que en links que haces a otras páginas comunes (<a href= ....) o formularios HTML pasa la sesión sin problemas, .. pero falla cuando abres una ventana (window.open()), al parecer propagas el SID en el URL (session.use_trans_sid = ON) pero tu no propagas el SID en el URL que apuntas en tu window.open() ...
Si propagases la sesión en cookeis no sería necesario ir propagando el SID en el URL sobre todo de redireccionamientos javascript (window.open .. etc) .. ni en header("Location ...") ni en <meta de tipo refresh ... donde PHP no sobre-escribe el URL para añadir el SID automáticamente.
Soluciones:
Si quieres propagar el SID en cookies:
php.ini debes usar session.use_cookies = ON (lo puedes cambiar por ini_set())
Asegurarte de que tu navegador acepte cookies (revisa el nivel de "seguridad") y que ningún firewall, antivirus o equivalente esté bloqueando las cookies que PHP estaría intentando crear.
Si no quieres propagar el SID en cookies, tendrás que añadir el SID como constante que es a tus links (sobre todo los que PHP no lo hace automáticamente):
window.open("nose.php?<? echo SID ?>","",".....");
Un saludo,