Iniciar sesion con php desde un popups

[mantoak]

Mi problema es el siguiente:

Quiero hacer que se inicie una sesion (autentificacion) a traves de un popup, es decir, yo lo que hago que tengo un boton de iniciar sesion que cuando lo pulsas te lanza un popup para que introduzcas el usuario y la contraseña, y una vez comprobado el usuario y la contraseña si es valido inicio la sesion con session_start() y con session_register declaro las variables que me hagan falta.

Pues bien lo que me ocurre es que una vez que cierro el popup, es como si la sesion desapareciera, las variables de sesion no son accesibles ni nada.

Lo que queria saber es como puedo solucionar esto si es posible.