Hola, bueno existen dos formas que yo conozco, una es usando las funciones mssql nativas de PHP y otra es usando las funciones odbc, yo uso este ultimo metodo:
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conex.inc:
<?
$connection_string = 'DRIVER={SQL Server};SERVER=server1;DATABASE=nombre_base';
$user = 'nombre_usuario';
$pass = 'clave_usuario';
$conn = odbc_connect( $connection_string, $user, $pass );
?>
Ahora la consulta tipica la podrias hacer como esto:
include("conex.inc");
$sql="select * from nombre_tabla";
$exec=odbc_exec($conn,$sql);
while(odbc_fetch_row($exec))
{
echo odbc_result($sql,"nombre_campo");
}
Saludos