Haz visto si te genera algun error?
Prueba viendo que valores retorna y si hubo alguna salida para el comando, asi:
Código PHP:
<?php
chdir("/usr/local/bin/");
$salida=system("./rdesktop -u david -g 800x600 85.137.1.1 &",$retorno);
echo $salida;
echo $retorno;
?>