No es necesario que sea una ruta absoluta, puede ser una ruta relativa. En tu caso deberías generar la ruta relativa al documento MovieForm.php que se corresponda con el lugar en que quieres dejar el archivo. Sería:
Código PHP:
<?php
$Folder = "../Covers";
move_uploaded_file($_FILES[ 'file' ][ 'tmp_name' ],$Folder.'/'.$_FILES[ 'file' ][ 'name' ]);
?>
Si no funciona comprueba que los nombres de directorio estén correctos, tanto en mayusculas y minusculas.