No se asignan permisos de root, sino que los permisos del archivo creado están dados sólo a su propietario, el creó el archivo, en este caso el usuario que configura apache (o IIS), que root los pueda modificar se debe a que root puede modificar todo. Lo que hay que hacer es asignar permisos a los demás usuarios mediande la funcion chmod(), la llamada a la función sería:
chmod("ruta/archivo.jpg", 0755);
http://www.php.net/manual/es/function.chmod.php