Al modificarlo, recortas pedacitos?? Podrías hacerlo de esta manera, muy picapiedra, pero para la urgencia y sin otro soft
A manita, recorta tu video independiente del audio (aquí sí depende de la compejidad del proyecto) Es decir, el audio no lo toques, y no unas los pedacitos de video, anota los tiempos en los que entra y sale el corte, luego une los pedacitos... Luego, el track de audio lo recortas en las entradas y salidas del video, quitas los espacios y te debe de quedar, de todas formas, ve escuchando el primer corte y calcula cuantos fotogramas debes adelantar o atrasar, y a lo que anotáste, se lo sumas o restas...
Se me hace que el clip de video esta mal codificado... seguro es un Avi cierto??? Intenta codificarlo de otra forma y prueba...