no sé cómo evitarlo con javascript o xhtml, pero si el problema es activex, podrías probar cargar el swf sin usar activex.
El método para hacerlo se comentó en este tema:
http://www.forosdelweb.com/f6/flash-accesible-339403/
claro que se vio como un método para incrustar swf de forma que el código cumpla las recomendaciones de html, pero sirve para este caso porque no usa el activex.
Saludos y espero que te sirva.