En la documentación de FPDF tienes ejemplos que hacen una consulta SQL a tu BBDD y componen un informe tipo en base al uso de sus métodos para definir la estructura de tu documento.
Ejemplos:
http://www.fpdf.org/en/script/script10.php http://www.fpdf.org/en/script/script14.php
(hay más en su sección scripts de
www.fpdf.org)
Si tienes más problemas .. expón el código que tengas o has probado y sobretodo explica que problema tienes o que tipo de "formato" quieres hacer y no te resulta.
Un saludo,