Entity ..
Según la documentación que presentas el valor concreto de la directiva safe_mode sólo se puede cambiar desde el httpd.conf:
Cita: php_admin_flag name on|off
Used to set a boolean configuration directive. This can not be used in .htaccess files. Any directive type set with php_admin_flag can not be overridden by .htaccess or virtualhost directives.
Apache configuration example
<IfModule mod_php5.c>
php_value include_path ".:/usr/local/lib/php"
php_admin_flag safe_mode on
</IfModule>
<IfModule mod_php4.c>
php_value include_path ".:/usr/local/lib/php"
php_admin_flag safe_mode on
</IfModule>
<IfModule mod_php3.c>
php3_include_path ".:/usr/local/lib/php"
php3_safe_mode on
</IfModule>
Un saludo,