Probablemente te ocupaba tanto porque en el menú Video habías dejado seleccionado Full Processing Mode, cuando debería estar a Direct Stream Copy... lo que sucedía es que te estaba descomprimiendo el vídeo
De todas formas buena idea la de pasarte al virtualdubmod, es mucho más completo
Sobre tu última pregunta, para que el vídeo y el audio encajen, deben durar lo mismo, o si no duran lo mismo, al menos ir a la misma velocidad. En cualquier otro caso hay desincronización. Siempre se puede editar el audio o el vídeo para cambiar su duración y que se acomoden, los pequeños cambios no se notan nada.
Saludos
