lo que que queres es hacer un alert pero que el mensaje del alert se lo pase PHP??
De ser asi con algo como esto basta.
Código PHP:
<?
//codigo php
$alert = "mensaje de error";
?>
<html>
<head>
<script type='text/javascript'>
alert('<?=$alert?>');
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>