Subir archivos fuera del sitio web y otros problemas

[bauhaus1975]

Muchas gracias por tu atención eft0
Te comento:

1. Sobre la descarga:
Parece que sigue sin funcionar...
Para descargar llamo a un archivo descarga.php que contiene este código

set_time_limit(0); // -----> Añadido desde tu respuesta
header('Content-Description: File Transfer');
header('Content-Type: application/force-download');
header('Content-Length: ' . filesize($file));
header('Content-Disposition: attachment; filename=' . basename($file));
readfile($file);

Y sigue el error el mismo, en los archivos 'grandes' da un error de caducidad CGI (que añade al contenido del archivo!!!!) y no termina de bajarse.
Incluso en los que da tiempo a descargar añade siempre un '</body></html>' y que yo sepa, no hay código php que muestre nada después, de todas formas he incluido un 'die()' justo después de llamar a descargar.php y parece que ya no sale:

include(descarga.php);
die();

¿Raro verdad? ¿qué puedo hacer?

2. Sobre la subida. Esta es la estructura de directorios que quiero conseguir
Por cierto, ¿conviene que ponga también 'set_time_limit(0);' en la subida de archivos?

Raiz/SitioWeb1/ArchivosSubidos/
Raiz/SitioWeb2/PHPScripts/

-Raiz es de donde cualgan todos los directorios que contienen un servicio web en el servidor
-SitioWeb1, donde quiero almacenar la subida de archivos (a SitioWeb le he creado también un servicio web)
-SitioWeb2, donde están todos los scripts php de la página

Así es como quiero trabajar, de momento está bajo un directorio apuntado por un servicio web.

Gracias por tu ayuda y a ver si podemos solucionarlo!