Mira en la empresa donde yo trabajo pasó exactamente lo mismo, mucho usuarios no tiene acceso a internet y muchos de los contenidos de la intranet no se podian ver.
Solución:
Hicieron una instalación masiva del player de flash cuando el usuario se logueaba en la maquina, asi lograron que todos tuvieran su player instalado.
Otra solución que sugirienron en su momento era tener el instalador del flash player en un disco local y apuntas el link de descarga a ese disco.
Si encuentro el instalador del player te lo mando!
