Es mejor leer el fichero completo a un array, asi:
$miarray=file("ruta/fichero");
http://www.php.net/manual/es/function.file.php
Luego sólo trabajas con ese array, puedes usar las funciones para array, como array_pop().
http://www.php.net/manual/es/function.array-pop.php
En el momento en que necesites pasar los datos al archivo de texto, lo haces recorriendo el array.