Los checkbox tienen una propiedad value, la cual aporta su valor a la variable php, por tanto, tienes esto;
<input type="checkbox" name="check1" value="1">
<input type="checkbox" name="check2" value="2">
<input type="checkbox" name="check3" value="3">
<input type="checkbox" name="check4" value="4">
Si por ejemplo tu no checkas el 2 y los demás si, entonces sabes que el valor 2 no va a llegar. Ahora, si deseas dar otro value al sugerido a cada checkbox, puedes hacer que los nombres sean similares, para recorrerlos con un for y saber la posicion del que no llegó, asi:
Código PHP:
<input type="checkbox" name="check1" value="algo">
<input type="checkbox" name="check2" value="otro">
<input type="checkbox" name="check3" value="nose">
<input type="checkbox" name="check4" value="nada">
<?php
$nchecks=4;
for($i=1;$i<=$nchecks;$i++)
{
$nombre="check$i";
if(!isset($_POST[$nombre])) echo "No se presionó el $nombre";
}
?>